Идеята за създаването на Археологическия музей в град Алмерия е възникнал през първата половина на 19 век. До 1837 на най-близкия до града и неговите околности манастири успя да изтегли 196 картини и антични монети и надгробни паметници, накити и съдове, датиращи от периода на Арабската правило в Испания. Но за редица неизвестни причини отваряне на музея по онова време не се състоя. Впоследствие много от тези артефакти направени музейната сбирка извън Алмерия и дори в чужбина.

Обявяване на Втората Испанската република е фактът, че през 1933 г. в Алмерия все още открит археологически музей, който се помещава в сградата на Института за научни изследвания. Първоначалната колекцията на музея археологически останки са намерени при разкопки в Алмерия и околностите му. През 1934 г. музеят вече започна сътрудничество с други музейни сбирки на страната. През 1979 г., във връзка с разширяването на музейната сбирка е преместен в сградата, в която се помещава в Колежа на Saint Mary Дева дел Мар

През 1998 г. от архитектите Ignacio García Педроса и Ангела Гарсия де Паредес е построена нова сграда на музея, който да отговаря на съвременните изисквания. Интериорът на новата сграда, просторни и светли, благодарение на сложна система от естествено осветление, минималистичен дизайн, ясни геометрични линии и пространствен капацитет. Събиране на Археологическия музей на Алмерия са експонати от палеолита до мавританска господство на Иберийския полуостров.