Манастирът е основан дъното Маура Dias през 1280 г. за монахини klarissok. Манастирът не трая дълго, и в 1311 той е престанал да съществува. През 1316 съпругата на крал Динис I, кралица Изабела на Португалия, възстановеното манастира.

Queen Isabella на Португалия също се нарича "Св Queen", защото на нея изключително благочестие и праведност. Кралицата също е известен с доброто си характер се основава болници, сиропиталища и училища. След смъртта на съпруга си, King Динис, тя се оттегля в манастир. И в 1336, кралицата умира и е погребан в манастира в гробницата, декорирана в готически стил. През 1626, Queen Изабела е канонизиран за неговата благотворителност и добри дела.

Първият архитект на манастира е Domingos Domingues, известен с работата си по галериите на манастира на Alcobaça. Той продължава работата на този архитект Estevão Domingues, който е известен с работата си върху катедралата галерии в Лисабон. През 1330 освещаването на храма, а по-късно към южната част на църквата е построена в манастир. Манастирът е много често представени парични дарения и подаръци. В началото на XVI век, църквата е украсена с севилски плочки и инсталирани нови олтари.

От манастира и църквата са били построени по левия бряг на река Монтего, а след това една година по-късно сградата е наводнена над бреговете на речните води. И в продължение на векове манастирът наводнени много пъти. Поради честите наводнения в манастира не е било възможно да бъде, и крал Джон IV наредено да напуснат сградата и да се премести в нов манастир - Манастирът Санта Клара-а-Nova, построен на хълм, недалеч от старата сграда. Гробницата с останки от кралица Изабела и други кралски лица са били прехвърлени в новата сграда.

С течение на времето, стария манастир в руини. През 1910 г. сградата е обявена за паметник от национално значение, както и някои ремонтни работи са извършени през първата половина на ХХ век.