Изграждането на новата сграда на манастира Санта Клара в Коимбра бе стартирана през 1649. Old манастир, построен в края на XIII век, е бил разрушен, и беше решено да се построи нова сграда за монахините от Ордена на Санта Клара.

Проектът е разработил бенедиктински монах от манастира и кралското архитект João Turriano, отговарящ за изграждането на кралското архитект Mateus направя Couto. New строителство е продължило достатъчно дълго. През 1677 нова сграда на манастира, който стана известен като манастира Санта Клара-а-Nova, управлявал монахини. През 1696 г. църквата е осветена.

Основната портала на манастирската църква е декорирана с царската герб, който се подкрепя от два ангела. Интериорът на църквата е в бароков стил. Църквата е еднокорабна, трансепт липсва. Страничните параклиси и основното параклиса е украсена с 14 олтари на XVII век в стила на "Talya Дорадо" - олтари рамкирани в издълбани и позлатена дървесина. В допълнение, нов манастир е бил преместен гробница с останки от кралица Изабела на Португалия, основателят на манастира. След смъртта на съпруга си, King Динис, кралицата беше в Коимбра метох на Santa Clara до смъртта си и е погребан там. Ето защо, сред варненци, този манастир се нарича манастира на кралица Изабела. Гробницата с пепел, изработена от сребро и кристали, разположен в близост до главния олтар на църквата. Преди църквата се извисява паметник на кралица Изабела, от скулптора Антонио Тейшейра Lopes в XIX век.

През 1733 в манастирски обители са били построени във възрожденски стил. Изграждането на тези галерии, отговарящи на унгарския архитект Карлос Mardel.