Археологически музей на Комотини е официално основана през 1962 г. и въз основа на археологическа сбирка, събрала група ученици на един от градските училища, в които, в действителност, древни артефакти и се съхранява в годините 1937-1962. През 1962 г. колекцията помещава в отделна сграда, но поради постоянното попълване на хазната на музея е необходимо спешно разширяване на изложбеното пространство. В годините 1968-1970, специално за музея, проектирана от известния архитект Konstadinidisa Apis нова сграда е построена, която днес се счита за един от най-впечатляващите модерните сгради на града.

Уникални реликви изложени в Археологическия музей са събрани в цялата Тракия, и обхващат огромен период от време от неолита до византийския период, отразяващи перфектно историята на културата на региона и подчертава безспорно влияние върху него на древните гърци. Основната Изложбата включва находки от праисторически селища, гръцки колонии, римски селища и некрополи. Изложбата се представя в хронологичен ред и в съответствие с териториалната компетентност на древни артефакти.

Археологическият музей на Комотини, можете да видите керамика и бронз, скулптура, бижута, монети, оръжия и погребални артефакти и много повече. Най-ценният елемент в колекцията е със сигурност една златна бюст на римския император Септимий Север (AD 193-211gg).

От 1987 г. в Археологическия музей регулярно провежда образователни програми за началните и средните училища.
  Днес в Археологическия музей на Комотини - един от най-интересните забележителности на града.