Когато испанските колониални войски започнали завладяването на Перу, Куско е един от бастионите на властта в империята на инките. Жителите му са яростно защитавани, двойно града премина от ръка на ръка, преди инките отстъпиха през 1536. Католическата църква реагира много сериозно за изграждането на катедралата в такъв важен колониалния град на региона. Катедралата на Санто Доминго, тя се нарича Катедралата на Успение Богородично, тя е построена с грижа и внимание към детайла, и продължава изграждането на повече от един век. Днес катедралата е един от най-важните и популярни туристически дестинации в Куско, и поради голямата му значение в историята на града, както и заради красивата си архитектура.

По време на пристигането на испанските конквистадори в най-Куско, най-важните и известни храмове в града беше Coricancha - храм, посветен на бога на слънцето Инти. Много историци смятат, че това е най-свещеното храм в империята на инките. Испанците решиха на мястото на храма на инките да изградят своята катедрала, и се използват в същото време повечето от строителния материал, преминавайки през храма Coricancha. Днес посетителите могат да видят още една малка част от разрушените стени на храма на инките в близост до задната част на катедралата.

Малката църква, известна като Triumph църква, построена през 1536 г., малко след като градът е завладян. Но веднага след като испанските власти в тези области, установени в града започва да се изгради много по-грандиозна и впечатляваща катедрала. Плановете са били съставени от испанския архитект Хуан Мигел де Veramendi. Катедралата е построена в готически и ренесансов стил, който е характерен за испанската религиозна архитектура в момента. Въпреки че има някои признаци на присъствието на влияние на инките в религиозната символика на сградата, включително главата на ягуар на главната врата на катедралата. Строителството на катедралата започва през 1559. Голямата част от населението на инките е била използвана за тежка работа по време на строителството на храма.

В продължение на векове, катедралата стана дом на няколко важни религиозни артефакти, включително известната статуя на Черно Христос, която е помрачена от свещите продължение на няколко века. Смята се, че тази статуя е помогнал на църквата оцелее и да се задържи след разрушителното земетресение през 1650. От дясно е голяма кула на катедралата камбаната Maria Angola Bell, 2 метра висок, с тегло около 6 тона. Неговата звънене може да бъде чут на разстояние от двадесет мили. Катедралата съхранява впечатляваща колекция от изкуство в продължение на няколко века, включително картини в 1650, които са най-старите в града.