Католическата църква на Сан Франциско се намира в центъра на Ла Серена. Църквата е структурата на края на XVI век.

През 1563, в Ла Серена постоянната францискански монаси. Кристофър Fray Juan Torrealba Ravaneda построена на това място параклис от кирпич. В началото на 1585 Fray Франциско Медина и Juan Francisco Roman Carbury започнахме строителството на сегашната църква сградата на варовик в италиански ренесансов стил. Дебелината на стените на сградата достигна 1, 20 м. Конструкцията е трудно и скъпо, тъй като варовика, донесена от Penyulas Alto и от гори Oval. Църква на Свети Франциск е първият камък на църквата Ла Серена и е осветена в деня на Коледа 1627 в името на Дева Мария от Good Hope.

В XVII век град Ла Серена е претърпяла редица нападения от корсари. По време на инвазията на град пирати, водени от англичанин Вартоломей Шарп през 1680, в допълнение към църквата Сан Франциско е бил разрушен по-голямата част на града. Земетресение през 1730 църковната сграда е почти не е бил повреден, с изключение на покрива, реновиране на която е приключила само през 1755. През 1735 г. църквата е открита в манастир и колеж за обучение на монаси. Той е работил до следващия разрушителното земетресение от 1796 г., в който част от кулата се срути, да напускат сградата на църквата и манастира не са подходящи за услугата. През 1823, на францисканците са изгонени и имуществото им конфискувано.

През първата половина на ХIХ век, във връзка с откриването на добива на мед в манастира започва работа Mint Coquimbo, но този проект е краткотрайно. До 1840 структурата на манастира е била използвана като казарма. По време на боевете при обсадата на Ла Серена през 1851 г., камбанарията е силно повредена. През 1858 г. сградата е реставрирана отново францискански монаси.

През 1878 г. църквата е претърпяла няколко изменения: няколко етажа са били разрушени, църквата започна да се състои от три кораба, разделени с аркади, фасадата е променено, е имало три балансирани входове в стила неоренесансов. Обновеният църквата е открит 1 октомври 1899.

През 1913 г. кула и циментова замазка фасада на църквата отново е разрушен по време на земетресението. През 1923 г. той построява нова камбанария, този път направена от стоманобетон. През 1975 г., след силно земетресение, поради много лошото състояние на сградата трябваше да затвори църквата. През 1977 г. той отвори предната половина на църквата за вярващите в останалата част на сградата продължава да се извърши възстановителни работи по възстановяване на оригиналния върха на кулата, стените и таваните, която е съществувала до средата на XIX век. В ризницата го отвори музей на религиозното изкуство и църковна утвар.

Църква на Сан Франциско, е бил обявен за национален паметник на Чили през 1977.