Църква на Сан Себастиан се намира на върха на хълм, в близост до пазара на риба, в северната част на стария град Лагос. От това място предлага зашеметяваща панорамна гледка към залива. Църквата се смята за един от най-старите и най-красивите църкви в града.

Още преди Църквата е построена на това място в 1325 беше параклис на непорочното зачатие на Света Богородица. През 1463, епископ Жоао де Мело е направил, че на това място е построена църква. През 1490, по заповед на краля на Португалия, Don João II, ние отново бяха проведени възстановителни работи, а църквата беше удължен. След това църквата е осветена като църквата Сан Себастиан (Църква на Свети Себастиан). За съжаление, както се е случило с много исторически сгради в Португалия, църквата е била почти разрушена по време на земетресението Лисабон през 1755. Църквата е възстановена, както и два века по-късно, църквата отново е разрушен от земетресение, което е настъпило през 1969. С течение на времето, църквата отново е реставрирана.

Отвътре църквата е трикорабна, разделени с дорийски колони. Оригиналният главния олтар на църквата датира от XVI век. Олтара се състои от четири плоскости. Очаква се, че тези панели създадена една от най-известните художници на Алгарве в XVI век Алваро Диас. Църквата съхранява стария план на града. През 1828 г., църквата има кула с камбанария.

През 1924 г., църквата Сан Себастиян е обявена за паметник от национално значение.