Църква на Санта Круз е построен от йезуитските монаси през 1608 като енорийска църква за китайските имигранти в Манила, много от които са приели християнската вяра. Когато йезуитите бяха изгонени от Филипините, църквата става собственост на доминикански монах. Църквата е почти два пъти разрушен от силно земетресение и сериозно ранени по време на известната битка на Манила през февруари 1945 г., която отбеляза края на почти три години от японска окупация на града.

Когато през 1571 е обявен за столица на Манила филипинския архипелаг, тя се превърна трансформира в подобие на средновековен европейски град с църкви, дворци и кметство, построени в стила на испанския барок. Сегашната сграда на църквата Санта Крус, реновиран през 1957 г., възстановена в първоначалния си вид. Въпреки това е възможно да се види следи от кулата е типично от азиатски архитектура. Олтарът на църквата на пръв поглед изглежда малко занижени, но неговият дизайн на осветлението перфектно.

Църква Санта Крус се намира на Plaza Lacson (бивш Gojty Area), в близост до известния Фонтан Karredo, построена през 1882 г. в чест на "най-големия благодетел на Francisco Karredo Филипините", който дари 10 хиляди песос за построяването на първата система за водоснабдяване в Манила.