Чилийски НИМ е публична институция и е под контрола на Дирекцията на библиотеки, архиви и музеи. Неговата мисия е да осигури обществен достъп до историята на страната чрез събирането, съхраняването, проучването и разпространението на наследството на Чили.

През 1873 г., по инициатива на кмета Benjamin Викуня Makenna Santiago го организира временна изложба на древни артефакти Exposición дел Coloniaje, която се е помещавала в бивша резиденция на губернатора на Чили, сега в тази сграда е Централна поща, седалището на Mail де Чили. През 1874 г., въз основа на идеята за създаване на постоянен исторически музей, тази изложба с няколко допълнения към замъка е преместен в района на Серо Санта Лусия де Сантяго.

През първото десетилетие на ХХ век, директорът на Националната библиотека Луис Монт Монт, предложи да се организира нова историческа изложба. Нова изложба с голяма колекция от артефакти е отворена в имението, разположен на улица Mondzhitas, между Сан Антонио и Mac-Iver, и създаде фурор. Тогава организаторите на изложбата са решили да се обжалва пред правителството за създаване на Национален исторически музей на Чили. Благодарение на усилията на сенатор Фигероа Joaquin Larrain в май 1911 петиция за откриването на музея бе подписан от президента на републиката Don Ramón Барос Luco.

От 1982 г. музеят се помещава в Palacio де ла Реал в северната част на пазарът на оръжията, който е построен от Хуан Хосе де Goyakoaleya Zanyartu през периода 1804-1808. Преди това сградата е седалището на кралския двор, където Първи национален конгрес през 1811 г. и 1812-1814 седалището на правителството под ръководството на Отечествената Движението на ла Patria Vieja. По време на испанското Реконкистата строеше отново принадлежи на кралския двор. През 1818, Двореца на Кралския съд бе официално обявен за седалище на правителството на Бернардо О'Хигинс и стана известен като Двореца на независимостта. Тази сграда се помещава на министерствата и другите държавни институции и агенции. За да се запази сградата през 1969 г. тя е обявена за национален паметник на Чили и се прехвърля в Националния исторически музей на Чили, както и реновиран през 1978-1982.

В момента колекцията на музея се групират, както следва: колекция от декоративни изкуства и събиране на скулптура на народните изкуства и занаяти, колекция от картини и гравюри, събирането на текстил и костюми, колекция от археологията и етнографията, събирането на средства и оборудване, колекция мебели, колекция от монети и медали, събиране книги и документи, колекция от оръжия, колекция от исторически снимки. Тези колекции са с различен произход - някои са били получени от други музеи, изложби и частни колекции, други са подарени от различни хора от началото на XIX век до наши дни.