Църква на Мария Магдалена се намира в квартал Сьодермалм. Историята на Църквата датира от 1350-та година, когато крал Магнус Ериксон с одобрението на папа Климент VI построени параклис и го посветени на Мария Магдалена. Външният вид на сградата от тези години зле документирани и само съществуваха медна гравюра изобразява параклиса като малка сграда с голяма кула, гарнирани с остър шпиц.

В началото на 1520s остави Густав Васа в Стокхолм, и неговите войски начело с Peder Fredagom лагер в параклиса, но те понася тежки загуби, когато датската армия на Christian II ги нападнат от града. Това събитие може да е била една от основните причини, поради Густав Васа унищожи всички църкви, манастири и параклиси, които обграждат града, след въвеждането на протестантството през 1527, включително и параклиса на Мария Магдалена. Въпреки това, неговият син, цар Йоан III, започна изграждането на нова църква на мястото на параклиса през 1588. Въпреки това, неговата смърт през 1592 прекъсна строителния работата продължава, и църквата остава незавършен, докато 1634.

Архитекти Никодим Tessin Древната и Tessin младши пое продължаващото изграждане и построил бароковата църква. The кула, която се смята за най-красивите в Стокхолм, по време на пожар през 1759 г., която също унищожени 300 други сгради в района е бил разрушен. Карл Йохан Cronstedt е изготвено специално за възстановяване на църквата, и неговият проект е завършен през 1763. Той е запазил голяма част от оригиналния дизайн. Реставрация на интериора на църквата на Мария Магдалена се проведе през 1927 г., същата година е създадена първата тялото, втори е добавен през 1986.