Една древна легенда разказва, че през 1364 Литовски благородник на име Goshtautas покани до 14 францискански монаси и им даде дом, така че те биха могли да се установят в страната. Когато Goshtautasa ляво, всички монаси са били убити. Малко по-късно, благородникът Покани францискански монаси. Нови монаси той се заселили в друго място, както и мястото на убитите монаси, той построил църква, кръстен в чест на Светия кръст.

През 1524 църквата опожарена. През 1635 на това място постоянната свещеници Bonifratrzy. Те започнаха своята работа с, построена нова църква на Светия кръст, основана в близост до манастира със същото име и открита в манастирския болницата. По-късно, в болницата се превръща в приют за психично болните. Goshtautasa Католическата църква е отделено от помещенията на манастира. Психиатричната болница опериран тук до 1903 г., когато той е преместен в нова сграда, построена специално за психиатрична болница.

През 1737 църква е опожарена отново. През 1748 г. църквата е ремонтирана, интериорът е изцяло ремонтиран, шест олтари са били построени и монтирани Kost'ol'na отдел е построена в бароков стил. Просто украсена барокова фасада и сградата на манастира. Въпреки, че след възстановяването на екстериора на сградата и има елементи на рококо. Вътре в храма стои величествено над просторните стаи каменни арки Кръстатата. Интересна комбинация от архитектурни елементи от барок, рококо и нео-рококо.

В храма има източник, който се счита за чудотворна. Легендите разказват, че източникът се появи внезапно в близост до статуята на непорочното зачатие. Това е мястото, където монасите са били измъчвани убитите францисканци. Те казват, че е особено полезно вода на този източник на пациенти, страдащи от заболявания на очите.

В църквата има и чудотворна кръст, който е монтиран над главния олтар. Под кръста е образ на Света Богородица с Младенеца. Предполага се, че на снимката рисувани през 17 век, но със сигурност не е известен произходът на картината. Той също е класирана сред чудотворни творения. Копие на чудотворната картината на Света Богородица с Младенеца, под формата на фрески може да се види на главната фасада на църквата. Тя е под сводест фронтон, построена през 1737 г. между двете странични кули на църквата.

Между 1914 и 1924 г. в църквата проведе специална услуга за студенти от литовските училища. В момент, когато Вилнюс е окупирана от Полша, не са били проведени в служба храм в литовската yazyke.V Bonifratr 1843 Орденът е отменена, а на мястото на манастира остава само тяхното представителство. През 1909 г. църквата е отново ремонтиран. В края на Първата световна война, през 1924 г., епископ Jurgis Matulaitis Bonifratr поканен да се върне в манастира на Светия кръст. Завръщането на монасите в манастира беше много навременна. Те ремонтира църквата, издигането шест олтари там. Те също играна в манастира приют за възрастни хора и на супа кухнята за социално слаби "Каритас".

В началото на Втората световна война, братята от Вилна бяха оттеглени Bonifratrzy Поръчка. През 1947 г. манастирът е подслонен от сестрите на обществото "на непорочното зачатие на Света Богородица." Въпреки това, те са доминирани от краткотрайна. Съветските власти затвориха през 1949 г. и на манастира и църквата. Сградите на манастира са разположени жилищни апартаменти.

През 1976 г. храмът е възстановен и разположени в него Концертна зала на Филхармонията Вилнюс, така наречената "Малка зала на барока". Имаше концерти на орган музика.

Вилнюс архиепископия се върнах в къщи си само след смяната на режима през 1990 година. Храмови и манастирските сгради са реставрирани и се прехвърлят към новите осветени монахините за срещане Sisters "непорочното зачатие на Света Богородица."