Ханя е построена от венецианците в началото на XIII век, на мястото на древното селище Cydonia. Доказателство за тази епоха е квартал в стария град на забележителни сгради и венециански укрепления в района на пристанището, с великолепната си морски фар, който днес се концентрира административен, културен и туристически център. Градът остава част от укрепленията - бастионите, рова, останки от защитните стени.

Археологически музей на града е разположен в Venetian църквата Св Франсис. Има експонати, намерени на западния Крит и други райони на острова, свързани с исторически периоди от неолита до римската епоха, включително по отношение на статуи и статуетки, оръжия, керамика, каменни печати, монети, бижута, и много повече.

Градът е исторически архив на остров Крит с богата колекция от материали от историята на острова, етнографска изложба - вторият по големина историческия музей на страната.

Nautical Museum Крит се намира в пристанището. Неговите експонати разказват за славната история на града.