Според писанията на историците Afanasievskiy Ярославъл манастир е основан след 1612, по време, когато в непосредствена близост до църквата на Атанасий и Кирил беше в параклиса на придобиването на чудотворната икона на нашия Спасител. Но има писмени доказателства, че манастирът вече е съществувал през 16 век. През 1615, Gabriel Myakushkin, областен кмет, попита митрополит Кирил Ростов да благослови основаването на манастира в светилището.

Има документални доказателства, че Athanasian манастирските игумени управлявали. През първите години на своето съществуване, той вече стана притежание на харти и привилегии на Михаил Фьодорович. Първият грамотност, датираща от 1619, заяви, че Athanasian манастир освободят от rugi пари и хляб, свещите, виното, в последните си крака. Също така, манастирът е бил разпределен място в мелницата на страната на Романов и Ярославъл. С дърво и дървесина, която носеше един манастир на Волга, Mologa и Sheksna свързани с монашеските мита ще бъдат изискани за плащане. Манастирът също освободени от разквартируване управител, благородници, князе и военни мъже.

Първите сгради на манастира са били дървени, през 17 век. обител многократно опожаряван по време на пожарите. Така например, през 1658 г. манастирът е изгорен до основи. Първият камък на църквата на манастира в чест на Атанасий и Кирил е построен през 1664 г. с благословията на митрополит Йона на Ростов Sysoevicha. След завършване на църквата е украсена с картини, направени от московските господари. По време на пожара през 1670 манастирът е претърпял отново. През 1676 катедрална църква на север е построен през зимата църква с камбанария, която е осветена в чест на московския митрополит Алексий. През 1736, по искане на игумен на манастира на Йона и постановлението на архиепископ Йоаким приписва Afanasyevsky манастир параклис прикрепен към неговата или Znamenskaia Vlasievskaya Tower, която е входната врата към глинени града. Днес тя е известна като Знаменская Църква.

Afanasievskiy Манастир significant've никога не е бил в богатството на притежанията им, или от броя на монасите: през 1717 г. там са живели само седем монаси, но една Belec; персоналът не се е увеличил, както и в зависимост от 1802 територията на манастира е доста малка, тя е била ограничена до ниска каменна стена, точно на изток и североизток. От другата страна на оградата като монашески постройки са тесногръди домове, както и църквата на Спасителя Proboinskaya.

ET, предната фасада на манастира, който е върху разпадането на изчакване, през 18 век. две каменни кули, издигнати малък размер, един от тях играе ролята на Светия порта, намиращ се в друга параклис в чест на важно събитие - намирането на чудотворната икона тук. Tower кули завърши с фигури на тръби за ангели.

25 юни 1768 в центъра на Ярославъл, за пореден път е имало пожар. Списъкът на щетите, в действителност, първото описание на манастирски сгради Athanasian. По време на работата на възстановяване е била актуализирана картина храм Атанасий и Кирил, на оригиналния камък Иконостасът е заменен с дървена един.

През 1820-1830 жж. В манастира се провежда мащабна работа по подобряването й: там са били построени квартали двуетажна каменна игумена с трапезария; Те са построени две сестри клетки; за Църквата на Атанасий и Кирил през 1825 г. търговец Константин требник произведен за своя сметка нов иконостас, Александър Charyshnikov от Ярославъл го позлати; през 1831 г., храмът е бил украсен с топли картини, стенописи, изпълнени Timothy Медведев. В същото време, с един стъпаловиден камбанария е възстановен на верандата топла църквата на манастира премахнати Borisoglebskii енория се прехвърля в 115-pood камбана. Ансамбълът на манастирската камбанария на седем камбани.

Следващата операция Afanasievskiy манастирът е бил в началото на 19-20 века: през 1897 г. са били построени от каменни мазета, треньор, плевня, банята, конюшни. през 1903 и 1907. извършват ремонтни работи в катедралната църква на средствата, предназначени за FE Vakhrameev; през 1912 г. беше ponovlena стенопис художник и реставратор MI Dikareva на дарения AI Vakhromeeva.

През 1764 с указ на императрица Екатерина II манастира Afanasievskiy класирана като маловажно. 12 декември 1857 Afanasyevskaya манастир е построен в степен treteklassnoy, началниците й трябваше тъй като това време в чин архимандрит. От 1895 Afanasievskiy манастир получи статут на пребиваване на викарий епископ на епархията Ярославъл.

След революцията, когато манастирът е основан Afanasyevsky енорийската общност. През февруари 1925 г., манастирът е бил затворен, част от имуществото му е била прехвърлена на Църквата на Спасителя на града и други храмове. През 1930. от решението на градските власти камбанария е била разрушена и църквата Атанасий и Кирил, и други манастирски сгради, намиращи се на организацията, производствените цехове, братска тялото е била използвана като подслон.

През ноември 2007 г. храм с ограда и порти кули, светците са дали на Руската православна църква. Когато Ярославъл теологична семинария премества в имението Vakhromeeva по нареждане на митрополит Кирил манастирска църква се превърна в семинарията. 31 Януари 2008 г. В параклиса Алексий е извършено първото обслужване.