Морският музей се намира в Minato Mirai, и е посветен на морската история на Япония. Той е открит през 1993 година. Основната изложба на музея - платноходка морско обучение Nippon Мару, чието начало бе поставено през 1930 г. и сега се намира в подножието на кулата Landmark Tower.

Музеят притежава най-голямата корабна компания NYK Line, чиято история датира от 1870. Настоящият му флот включва 776 кораби с офиси, открити в 27 страни по целия свят, включително и в Русия. Компанията е част от Mitsubishi Group.

Музеят разказва историята на Yokohama като едно от пристанищата на Япония, която през ХIХ век са били отворени за международната търговия. Смята се, че отварянето на Япония към останалата част на света се дължи основно Commander Матю Пери, политика и офицер от Военноморските сили на САЩ. През 1852-1854 година той успешно проведе две дипломатически мисии, които са довели до Съединените щати и Япония подписаха Конвенцията на Канагава чрез разхлабване на самоизолация на изгряващото слънце. Expeditions Пери бяха четвърти и пети САЩ се опитва да установи търговски и дипломатически отношения. Пери е било наредено да използват сила, ако Япония отказва да преговаря. Неговите кораби стреляли във въздуха и да отдават под наем черен дим, така че японската флотилия с прякор "черен".

Музеят разказва за това как развития свят и японската корабостроителната индустрия от средата на XIX век, на модерни технологии в индустрията и значението на пристанището на Йокохама. Това са голяма колекция от модели на модерни и винтидж кораби, колекция от книги за корабостроенето.

Платноходка Nippon Maru - четири masted кораб на 300 фута. През годините преминава, според оценки, 1, 8 милиона. Км и като кораб на военноморските обучението е подготвил около 11, 5 хиляди души. Тя стартира през януари 1930. След Втората световна война тя е била използвана за репатриране на хора от бившите колонии на Япония. През 1984 г. Nippon Maru завършена услуга и е акостирал в подножието на кулата забележителност.