Университет Загреб е най-старият не само в Хърватия, но и в Югоизточна Европа. Датата на официалния основаването си се счита 23 сеп, 1669, когато римският император и унгарското-хърватски крал Леополд I издава закон за признаване на правата и статута на университетските образователни институции от бившия йезуитски академия, които действат на територията на свободен кралски град Загреб, бившата столица на Кралство Хърватия и Славония. Тази дата е началото на историята на Университета в Загреб в борбата им за прилагането на правата получените и да получи достойно място сред най-авторитетните и представител на университети и академии в Централна Европа.

История на Университета в Загреб в съвременния му вид започва с епископа на dzhyakovskogo инициатива и виден меценат на хърватския Йосиф Щросмайер, когато през 1861 г. предложи да се организира университета четири факултета: медицински, богословски, философски и юридически. Предложението бе разгледано в продължение на няколко години, а през 1874 г. на хърватския парламент прие инициативата и издаде указ "На университета." През същата година университетът променя името си и става известен като модерния университет в Загреб.

От 1990 г. в университета е получил по-голяма автономия, като в същото време започва присъединяването към Болонския процес.