През 1647 град Айзенщат е под върховенството на княжеската дома на Естерхази, който имаше голямо влияние върху града и доведе до положителни промени. През 1648, с указ на император Фердинанд III Айзенщат става свободен град, се облагат с данък, платен в размер на 16,000 гулдени и 3000 бъчви с вино. През 1670 Paul I позволено да се заселят в Айзенщат и шест близките селища 3000 евреи, които са били изгонени от Виена. Равин на града беше Vertaymer Самсон, който сам е бил погребан в старото еврейско гробище.

Имаше нужда в гробището. Така че там е старото еврейско гробище през 17 век в близост до еврейския квартал. Old гробище функционирала от 1679 до 1875 година и в него работят около 1140 надгробни плочи с надписи само на иврит. Поради ограниченото пространство, в непосредствена близост до старото гробище е създадена нова. Ново гробище е в употреба от 1875.

По време на нацистката окупация, двете гробища са били частично разрушени, а надгробните камъни са били използвани за изграждането на бариерата около града. След 1945 г. в гробището е реновиран и паметниците са били въведени. През 1992 г. се наблюдава ново гробище вандализъм: около 80 надгробни плочи бяха осквернени нацистки символи.

Гробище Айзенщат е различен от другите древни еврейски гробища лишени от растителност. Въпреки това, той е много подобен по форма и вид с гробището Виена. Това се дължи на факта, че първите заселници са виенските емигрантите. Преди входа на старото гробище е направено из красивите полукръгли метални порти, но сега те не са запазени. И двете гробища са открити за обществеността.