През 1546 тя е основана в град Арика на място, наречено Ел Chenchorro. Петдесет години по-късно градът е опустошен от земетресение и цунами, което принуди жителите да се движат домовете си в пристанището под закрилата на Cape Morro, на мястото, където той е сега.

Сегашната сграда на катедралата на Арика е построен върху руините на втория храм на града, който е построен през 1640 г.. След 200 години трудов стаж, тази църква е била също разрушена от земетресение през 1868. Само запазена каменни стъпала. Проектът на новата църковна сграда е разпоредено от перуанския президент Хосе Балта във френския студиото на Густав Айфел, и първоначално е бил предназначен за курорта Ancon. Но през 1875 г. е взето решение да се изгради в Арика. Една година по-късно, в храма се проведе първата литургия.

По време на войната в Тихия океан (1879-1883) започва да принадлежат към град Арика в Чили. Но до пристигането на ХХ век, Арика остава под ръководството на епархията Арекипа, съгласно постановление на Ватикана. През 1910 г., на кмета на град Арика, Maximo Лира, постановил експулсирането на перуанския свещеника и помощникът му от страната. Те бяха заменени от чилийските военни свещеници.

През 1911 г. църквата е прикрепен към диоцеза на Tarapaca (сега - на диоцеза на Икике). И през 1959 г. той е прехвърлен в ранг на катедралата. С благословията на папа Йоан Павел II през 1986 г., тя е основана от епархията Арика до центъра на града в катедралата Сан Марко в Арика.

Църквата е сравнително малка, в готически стил. Дизайнът на църквата е направен изцяло от метал - греди, колони, свързани с островърхи арки, с изключение на две дървени врати. Кулата на храма се издига към небето, като красотата и величието на сградата, която се засилва от околния пейзаж: Пласа де Колон, Cape Morro де Арика, пристанището, пристанището и безгранична морето.

През 1984 г. сградата на катедралата обявена за национален паметник на Чили. И през 2002 г. - за исторически паметник на Арика.