Друга атракция на Cordoba - San Francisco църква, която е един от така наречените "ferdinandovskih" църкви, получил името си от факта, че те са били сред първите християнската църква построена в Кордоба, след възвръщането от маврите от цар Фердинанд III. След като църквата е построена в част от манастира Сан Педро ел Реал 13 век. Манастирът, който принадлежеше на францисканските религиозни общности да бъде доста близо до това време и имаше голямо влияние в религиозния живот на града. Известно е, че през 17 век там са живели стотина монаси, а повечето от нейния просперитет и влияние той е постигнал през 18 век. Но в началото на 19 век, по време на настъплението на войските на Наполеон манастирът е разрушен, и църквата Сан Франциско чудо оцелели.

Първоначално създаден в готически стил, днес в сградата на църквата Сан Франциско е само частично наподобява оригиналната структура. През 18-ти век сградата е реставрирана няколко пъти и фасадата му има много елементи на барок, променили съществено средновековен облик на църквата.

Днес църквата Сан Франциско е не само един от най-старите, но и един от най-богатите църкви в Кордоба. Той съдържа изобилие от културни ценности, натрупани от средновековния период. Има и интересна колекция от картини на художници от 18-ти век Cordova. Той заслужава специално внимание и глоба старинни мебели, разположени в помещенията на храма.