Бен Езра синагога архитектура не се различава от стандартната архитектура на коптски църкви. Това се случи, защото сградата е била първоначално църква, но в края на X век. Халиф Хаким затвори църквата. В по-ново време сградата е изкупил еврейската общност, която по това време е значителна част от египетското общество. Синагогата е кръстен равин Абрахам Бен Езра Ерусалим.

Famous синагога, че в XIX век, по време на ремонта, там е била открита съкровищница на документи с хиляди XI-XII век.
Наскоро възстановен синагога.