В японската история е време, когато управниците са в полза на разпространението на християнството, и периоди, когато донесени от чужбина доктрина оказаха в немилост, и неговите последователи са били преследвани. През XV и XVI век, християнството се разпространява бързо по островите на архипелага, но в края на XVI век е бил забранен, и на хората в Япония го практикуват тайно. Жителите на Нагасаки бяха принудени всяка година да се докаже, че те не са християни. За да направите това, те предлагат да пренебрегва образа на Исус Христос и Богородица, и този ритуал, те трябваше да мине до средата на ХIХ век. Като цяло, християнството е била забранена в Япония с толкова, колкото две и половина века, през това време са били екзекутирани, измъчвани или депортирани хиляди хора, изповядващи религията.

5ти февруари 1597 в Нагасаки бяха публично екзекутирани за мисионерската работа на 26 души, сред които 20 са японски, четири испанците, както и мексиканската и индийската. Със заповед на тогавашния управляващ шогуна Тойотоми Хидейоши арестуван християни били измъчвани, а след това постави в Нагасаки и е бил разпънат на кръста, издигната на хълм Nisidzaka. След изпълнението на жертвите станаха мъченици за светци четат и да ги разпознават различни забавления. Сто години след канонизирането през 1962 г. на хълм откри паметник и музей. 06 Февруари Католическата църква в Япония чества паметта им.

Музеят съдържа важни исторически документи, донесени от Европа и съставени в Япония, произведения на изкуството период от ранното християнство в Япония. Exhibit хронологично запознае посетителите с периода на ранното християнство, на моменти преследването на християните и живота на тайните католици в периода на самоизолация състояние.

В момента, християнството е третият от основните религии в Япония след будизма и шинтоизма. В началото на XXI век, е имало около 2, 5 милиона християни, предимно католици.