Zoo и Музея на природата в Сплит бяха дарени на града се дължи на началото на ХХ век, няколко ценни природни колекции. Професор Умберто Dzhirometta през 1923 г. повдигна въпроса за създаването на музей по естествена история. Градският съвет на Сплит взе въпроса до Ревю и през 1924 г. основава първата музея и Dzhirometta стана неин лидер до смъртта си през 1939 година.

През първите години на своето съществуване, музеят е разположен в един от общинските сгради в центъра на града. Скоро пространството не беше достатъчно, а музеят е преместен в една от сградите на парка Мариян. Заедно с музея отвори малък зоопарк, представляващ някои видове местни и екзотични животни. За първите в бивша Югославия Аквариума в непосредствена близост до сградата на музея е построена допълнително пространство. Няколко години по-късно, на Океанариум е затворена и се превръща в малка клетка. Днес в Сплит Zoo има над 300 вида животни.

Сградата в парка Мариян на военните действия през 1991 г. е била затворена от съображения за сигурност. След това, музеят се мести в крепост хващам, а след 1997 г. той се завръща в Marian. След 2000 г., по искане на работниците и служителите за нуждите на музея е била разпределена ново пространство, с обща площ от около 1156 квадратни метра, в която музея започва работа през януари 2002 година.

Преди откриването на новия директор на музея е реорганизирана музейни сбирки и разказа няколко нови експозиции (например, колекция от препарирани животни и птици, катедрата по геология и палеонтология, ентомология, Катедра по гръбначни и безгръбначни животни, и т.н.). Проведени са също така работата по обработката и систематизиране на експонатите, работа на терен в централната част на Далмация, многобройни изложби в музея, така и извън него. В допълнение, служителите на музея участва в многобройни научни конференции.

На приземния етаж на музея е домакин на различни изложби, а на останалите етажи приюти постоянната експозиция. Всеки може да си купите музейните допълнителни материали за историята на музея и местно естествената история.